水果和蔬菜采摘后仍為有生命體，果實組織中仍進行著活躍的新陳代謝過程，對微生物的侵入有抗御能力。但當這種生命體發展到后期即過熟階段，新陳代謝變慢甚至停止，果實成份與組織均發生了不可逆轉的變化，使其失去營養價值和特有風味，在微生物作用下開始腐爛。
水果和蔬菜的呼吸實質上是果實內有機物緩慢地氧化。在有氧條件下，果實內作為基質的糖、有機酸以及復雜的碳水化合物被完全氧化分解為二氧化碳、水和熱量，維持正常的生命活動。在缺氧條件下，果實內的基質不能完全氧化分解，只能產生結構比較簡單的化合物如乙醇、乙醛等和少量的熱量。缺氧呼吸果實為獲得與有氧呼吸同樣多的能量，就必須氧化更多的呼吸基質，即消耗更多的貯藏物質，使果實質量變差，縮短貯藏期。
水果和蔬菜呼吸還產生水量乙烯和其他微量氣體。乙烯誘發果實呼吸強度升高，從成熟進入完熟。乙烯是果實成熟的啟動物質，是一種催熟劑，不僅加快成熟速度，而且均勻改變成熟過程。但乙烯也有許多不利影響，如：
①在儲薦期間不希望的加速成熟；
②加速某些未成熟的果實（黃瓜、南瓜等）和多葉蔬菜枯黃、失去綠色；
③在萵苣上產生黃褐色斑點；
④刺激或抑制土豆發芽，這取決于乙烯的濃度和時間；
⑤蘆筍變硬。
保證水果和蔬菜新鮮的高質量運輸不僅要控制乙烯，還要控制二氧化碳、水汽和呼吸發出熱量造成的損壞。
一般情況下低溫可降低水果和蔬菜的呼吸強度，但也使它們由于生理失調而造成凍害，因此應正確設置溫度。
為保證水果和蔬菜正常的呼吸活動，需供應適量的氧所。應正確設置冷箱新鮮空氣換氣窗開度比率，但應特別注意換氣窗要遠離乙烯源，象柴油機排氣管等。
為避免由于水汽使霉菌和真菌繁殖造成腐爛及水汽凝結造成的其他損壞，應正確地設置相對濕度，降低箱內的濕度以達到最佳貯藏運輸環境。
控制二氧化碳、乙烯、氧氣影響有許多方法，例如：
①一次氣調法（MA）。指利用氣密材料，使果實與周圍的氣體不與外界進行交換，保持充入氣體結構或靠自身呼吸作用達到適合的貯藏環境。
②連續氣調法（CA）。指對貯藏環境不斷地進行檢測與調整，保證在最適合的氣體成分比例下貯藏。連續氣調法包括人式降氧法和硅窗自動氣調法。
③使用高錳酸鉀也可吸收乙烯，有助于改善貯藏環境。
水果和蔬菜應使用合適的包裝，且在冷箱內正確堆裝，使箱內氣體循環良好，氧氣均勻分布和減少有害氣體、水汽及熱量的聚集，保證良好的貯藏環境。
不同的季節運輸不同的水果和蔬菜，均應詳細計劃。在許多國家還有必須遵守的特殊規定，如產品質量、藥水清洗、包裝上的標簽和果蠅在運輸期間已被殺滅的證明等。
水果和蔬菜高質量的運輸始于采摘。首先應在理想的時間和成熟狀態下采摘，然后對果實細心地揀選、整理和清洗，再是降溫減緩果實成熟過程到最慢，最后是正確地使用包裝材料對果實迅速進行包裝，使水果和蔬菜處于低溫狀態，在正確的溫度、濕度、氣體成分環境下運輸。
保鮮肉類、根莖蔬菜（像胡蘿卜）、水果（像橙、香蕉）和一些活植物屬于溫度敏感貨物，在運輸期間溫度必須保證在其冰點或損害點1℃之內。裝運這些貨物對冷箱應進行預冷，并且用“冷風通道”迅速裝妥貨物。應使用箱帶發電機保持冷箱制冷系統連續工作，避免溫度波動。
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